Další osud vyjednávání a rozhodování o budoucnosti mostu je nyní v kompetenci odborné organizace (Národního památkového ústavu) a Magistrátu města Prahy (příslušný výkonný orgán památkové péče, jenž vydává závazná stanoviska k obnově a stavebním úpravám kulturní památky):
1. Ministerstvo kultury vedlo v nedávné době poměrně náročné správní řízení ve věci případného zrušení prohlášení dotčeného mostu, respektive soumostí, za kulturní památku. Toto řízení bylo ukončeno pravomocným rozhodnutím ministerstva č. j. MK 14553/2020 OPP ze dne 3. 3. 2020, ve kterém nedošlo ke zrušení prohlášení za kulturní památku, a ve kterém byl opětovně prokázán mimořádný památkový význam dotčeného soumostí a zdůrazněna jedinečná vizuální role, jakou Železniční most pod Vyšehradem aktivně sehrává v rámci celosvětově známých tradičních vedut naší metropole, města zapsaného na Seznam světového dědictví UNESCO. Soumostí se významně uplatňuje architektonicky a urbanisticky v území Pražské památkové rezervace, neboť charakteristické parabolické oblouky ocelové příhradové konstrukce mostu přes Vltavu tvoří významnou součást panoramatických pohledů na Vltavu s dominantou Pražského hradu (při pohledu po toku Vltavy) či opačným směrem s dominantou památného Vyšehradu. Toto soumostí významně obohacuje pražská panoramata také ve vzájemném pohledovém vztahu s Petřínskou rozhlednou, s kterou tvoří charakteristickou a jedinečnou architektonickou a inženýrskou stopu přelomu 19. a 20. století. Ostatně obě tyto „ikonické“ stavby jsou dílem téhož konstruktéra - Ing. Františka Prášila (spoluautor železné konstrukce).
2. Výše uvedené pravomocné rozhodnutí Ministerstva kultury č. j. MK 14553/2020 OPP ze dne 3. 3. 2020 zároveň velmi objektivně a realisticky konstatovalo aktuálně špatný stavebně-technický stav mostu a respektovalo daný fakt, že most musí být do budoucna nadále plně provozuschopný a bezpečný pro svůj primární dopravní účel, a to ať už prostřednictvím realizace příkladné památkové obnovy stávající konstrukce (s možností doplnění další nové samostatné konstrukce pro novou kolej), nebo, v krajním případě, prostřednictvím vytvoření odborně provedené repliky památkově hodnotné železné konstrukce mostu (viz např. aktuálně připravovaná replika vyhořelého křídla pražského Průmyslového paláce na Výstavišti – rovněž kulturní památky), která zajistí zachování tradičního a pro Prahu určujícího a celosvětově známého městského panoramatu. V tomto ohledu by tedy mělo být jakékoli svévolné nakládání s kulturní památkou a s její charakteristickou vizualitou (v podobě instalování úplného moderního novotvaru na původní kamenné mostní pilíře) zcela neprůchodné. Je však také třeba zdůraznit, že nalezení konkrétního vhodného technického, dopravního a památkového řešení v tomto případě nezávisí na Ministerstvu kultury (které je v tomto případě druhoinstančním orgánem v případě přezkumů proti závazným stanoviskům Magistrátu města Prahy, úseku památkové péče), ale závisí na společné konstruktivní dohodě mezi vlastníkem, příslušnou odbornou organizací památkové péče (Národní památkový ústav), příslušným výkonným orgánem památkové péče (Magistrát města Prahy) a dalšími zainteresovanými subjekty, a to s ohledem na skutečnost, že má dotčené soumostí status státem chráněné kulturní památky (!).
